8月9日凌晨，苏联红军出兵中国东北，向关东军发起攻击，石井四郎很快就获悉了这一情报米兰，并与关东军司令部取得联系，随后又飞往长春等待东京的指令。8月10日，日本大本营参谋本部作战课参谋朝枝繁春中佐飞抵长春第二军用飞机场，米兰代表参谋总长向石井四郎传达命令：一是部队立即全面废除，成员尽快返回日本本土，应使所有证据物件永远从地球上消失。二是已命哈尔滨第一四九师团调去一个工兵中队、5吨炸药配合部队采取行动，炸毁部队所有设施。三是立即处理建筑物内“马路大”，MILAN SPORTS用部队锅炉房销毁，然后将灰烬投入松花江。四是将53名医学博士使用飞机直接送回日本；其他职员、妇女、儿童等所有人，通过南满铁路先送至大连再返还日本，已经命令直通大连的特急列车（可运送2500人）在平房火车站待命。石井四郎接到东京指令之后立即飞回哈尔滨，召集高级军官紧急会议，宣布七三一部队全部营区戒严，准备撤回日本本土。为保守七三一部队的秘密，将各级命令文件、研究资料、实验报告、医疗器械、人体标本等统统运往锅炉房烧毁。总务部长大田澄大佐担任总指挥，具体负责全面销毁罪证，所有命令都由大田澄发出，各个场地的进展情况也都向大田澄报告。